Успенский Второафонский монастырь на горе Бештау был основан русскими монахами, прибывшими в начале ХХ столетия со Святой Горы Афон на Кавказ. По преданию, со времен древней Алании, c IX столетия, вблизи Бештау существовал византийский монастырь. С XV столетия обитель перестала существовать.
Освящение нового монастыря состоялось 28 ноября 1904 года. Монашествующие совершали Богослужения, принимали паломников, вели активную миссионерскую и хозяйственную деятельность.
После революции 1917 года и начавшейся Гражданской войны монахи регулярно подвергались репрессиям, ссылкам, некоторые были изгнаны, несколько монахов было зверски убито властями. Через несколько лет монастырь был закрыт, его возрождение началось в 1990-е годы.
В 2011 году Пятигорской епархии насельником святой обители становится архиепископ Пятигорский и Черкесский Феофилакт. В 2012 году Священный Синод Русской Православной Церкви утверждает архиерея в должности священноархимандрита (настоятеля) монастыря.